No se ha podido determinar con exactitud la fecha exacta en que empezó a funcionar esta escuela. En la crónica diaria del señor director de esta institución a principios de los años treinta, don Jorge Blanco, se menciona que se iniciaron lecciones el 26 de febrero de 1886. En ese entonces se hablaba de una escuela de varones y otra de niñas, ubicada en una casona de madera en los alrededores de lo que hoy se conoce como “El cruce de la calle al cementerio” en unos terrenos que pertenecían a don José María Núñez Morales.
El primer edificio escolar fue administrado por la Junta de Educación constituida por los distinguidos rafaeleños: Señor Guillermo Zumbado, Eupertino Meléndez, Liberato Murillo, Rosendo Herrera y Rafael Aguilar, bajo la dirección del señor director don Ismael Conejo.
Para 1917 cuando se construye la escuela Enrique Pinto, la Junta de Educación de la escuela de San Rafael, suplió a ésta de parte del mobiliario necesario para su instalación, y al haber dos escuelas adopta el nombre de escuela San Rafael Norte.
A manera de anécdota cuentan los ancianos del distrito que don León Cortés Castro y doña Julia Fernández Rodríguez se conocieron en San Rafael cuando él era visitador de escuelas y ella maestra.
En esos primeros años de vida la escuela no completaba el I y II Ciclo, los niños debían trasladarse a completar la primaria a la escuela de San Antonio de Belén, teniendo que hacer todo el trayecto a pie. No fue sino hasta 1954 cuando se dio la primera graduación.
Hasta 1938 cuando se empieza a utilizar el nuevo edificio los directores que tuvieron a cargo su dirección fueron:
· Víctor Ugalde
· Alberto Ruiz
· Alberto Córdoba
· Alfredo Soto Castro
· Jorge Blanco
· Juana Madrigal.
Y las asistentes:
· Herminita Blanco de Arguedas
· Antonia Quesada
· Brencia Romero
· Julia Fernández
· Dora Arias.
La comunidad ha crecido y la escuela también, casi el 60 % de los rafaeleños han aprendido a leer y a escribir en sus aulas, de ahí que se les tenga especial estima.
El edifico escolar se ha visto modificado y ampliado en varias oportunidades:
· En 1955 en la administración Figueres Ferrer (1953 – 1958) se construyeron dos aulas.
· En la administración Echandi Montero (1958 – 1962) se concluyeron cuatro aulas más.
· En 1971 en la tercera administración Figueres Ferrer se consolida la estructura física.
· En 1982 gracias a la donación de la Fundación Santiago Crespo, se construye el edificio del comedor escolar.
El 22 de diciembre de 1990 el plantel se ve seriamente afectado por el terremoto en el que pierde tres aulas y deja en malas condiciones otras más que se reparan y reconstruyen posteriormente.
La siguiente es la lista de directores con que ha contado la escuela desde 1938:
· Ovidio Gómez
· Carlos Ugalde
· Felicia Rodríguez
· Rafael Barrantes
· Heriberto Patiño
· Miguel Araya
· Ricardo Valverde
· Oscar Alvarado
· Vinicio Alfaro Solórzano
· Roy Madrigal
· Alvaro Campos
· José Manuel Alvarado
· Milagro Alvarado
· Martha E. Córdoba (actual)
La escuela, hoy con el paso de los años, tiene más de 1200 estudiantes, un director, dos asistentes y más de 50 maestros, los que día a día siembran la semilla del saber en los niños y las niñas rafaeleños(as). Ésta es considerada un pilar fundamental en el progreso de la comunidad, al ser el sitio donde se forman y educan los ciudadanos del lugar.